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USEARCH | 序列分析軟件培訓 |
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 班級人數--熱線:4008699035 手機:15921673576( 微信同號) |
| 增加互動環節，
保障培訓效果，堅持小班授課，每個班級的人數限3到5人，超過限定人數,安排到下一期進行學習。 |
| 授課地點及時間 |
上課地點：【上海】：同濟大學(滬西)/新城金郡商務樓(11號線白銀路站) 【深圳分部】：電影大廈(地鐵一號線大劇院站)/深圳大學成教院 【北京分部】：北京中山學院/福鑫大樓 【南京分部】：金港大廈(和燕路) 【武漢分部】：佳源大廈（高新二路） 【成都分部】：領館區1號（中和大道） 【廣州分部】：廣糧大廈 【西安分部】：協同大廈 【沈陽分部】：沈陽理工大學/六宅臻品 【鄭州分部】：鄭州大學/錦華大廈 【石家莊分部】：河北科技大學/瑞景大廈
開班時間(連續班/晚班/周末班）：2020年3月16日 |
| 課時 |
◆資深工程師授課
☆注重質量
☆邊講邊練
☆若學員成績達到合格及以上水平，將獲得免費推薦工作的機會
★查看實驗設備詳情，請點擊此處★ |
| 質量以及保障 |
☆
1、如有部分內容理解不透或消化不好，可免費在以后培訓班中重聽；
☆ 2、在課程結束之后,授課老師會留給學員手機和E-mail,免費提供半年的課程技術支持，以便保證培訓后的繼續消化；
☆3、合格的學員可享受免費推薦就業機會。
☆4、合格學員免費頒發相關工程師等資格證書，提升您的職業資質。 |
☆課程大綱☆ |
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- Geneious是一款綜合、跨平臺的生物信息學軟件，包括操作、發現、共享和探索生物數據，例如DNA序列或蛋白質，系統進化，三維結構信息，出版文獻等。它的功能包括序列對比和系統學分析，毗連群，引物設計和克隆和限制性分析，使用NCBI和EMBL，BLAST，蛋白質結構查看，自動化醫學搜索等。它甚至包含了一個API，您可以創建您的個人生物信息插件。
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- Geneious主要功能：
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- 1. NGS分析和基因組學
- 使用行業領先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數（任何長度、成對端、條形碼）的從頭組裝或參考映射。對數據的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續的可視化、SNP調用和RNA-Seq表達式。
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- 2. 序列圖和色譜分析
- 修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調用并創建一致的序列。基因預測、模式、翻譯和變異調用的自動標注。基因型微衛星跟蹤自動梯擬合和峰值調用和生成等位基因表。
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- 3. 對齊和樹構建
- 使用包括MAFFT和ClustalW在內的可信算法對DNA或蛋白質進行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內的同行評審算法構建系統樹，并為公開準備的圖形調整顯示設置。
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- 4. 分子克隆
- 查看質粒圖，自動注釋矢量并用注釋復制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設計引物，找到CRISPR站點并優化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
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- 5. 搜索、共享和自動化
- 針對NCBI進行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協作數據。導入和導出大多數行業標準文件格式。建立自動化的工作流程，以提高效率，控制業務流程，并減少您的研究中的人為錯誤。
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- 6. SnapGene文件導入
- 將SnapGene*.gna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導入序列及其注釋和其他元數據。
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- 7. CRISPR-CPF1特異性評分
- 自信地選擇理想的CRISPR-CPF1引導RNA位點使用新的特異性評分，這是根據對您選擇的數據庫的非目標分析計算出來的。
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- 8. 智能NGS導入
- 只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
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- 9. CRISPR Cpf1選項
- 添加了CRISPR-CPF1與5' PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點，并在體內具有更高的裂解效率。
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- 10. RNA-Seq表達分析的火山圖
- 在交互式火山圖中可視化基因表達，可以用來突出和跳轉到差異表達基因。
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- 11. 限制性位點無表型突變分析
- 自動識別在不影響蛋白質的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。
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- 12. 漂亮的PCA圖
- 具有更好的標簽和新的可視化選項，創建漂亮的PCA圖形。
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- 13. 創建酶制劑
- 不再從其他來源獲取信息。現在您可以很容易地創建您自己的酶組。
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- 14. 更好的FASTQ導入功能
- 在導入過程中，成對讀取可以相互關聯，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設置讀取技術。
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- 15. 為細菌基因組比對更新Mauve插件
- 現在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進行基因組整理成為可能。
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- 16. 更好的BLAST服務器管理
- 一次設置多個BLAST服務器鏡像，每次搜索時，選擇優秀的一個。不用每次切換鏡像。
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- 17. NCBI BLAST云支持
- 有了NCBI BLAST云之后，設置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。
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- 18. 按索引連接
- 連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。
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- 19. 序列列表的CSV/TSV導出
- 將序列表中的所有序列連同它們的元數據一起導出到CSV/TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進行進一步的分析。
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- What's New in Geneious Prime 2019？
- The Geneious Prime 2019 release is here. Geneious Prime 2019 is free if you have a valid subscription or a perpetual version Prime 2019 license. If you are currently using a previous version-only licence (eg R11), you will have to purchase an upgrade.
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- We have changed the way we refer to the new versions of Geneious with this release being called Geneious Prime 2019 instead of Geneious R12. This will make it easier for you to know that you are on the latest version. Please visit Geneious Prime for further details of the recent name change.
- Have an older version of Geneious Prime? The software that you know and love gets better every year. Upgrade now and you can enjoy Geneious Prime 2019 as well as all the features included in previous releases.
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- Geneious Prime 2019 Festures and Benefits:
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- Custom Codon Usage Tables
- Back translate and optimize codons using your own codon usage tables. Import standard formats from public databases or external codon analysis tools.
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- Rapid Manual Primer Design
- Select desired binding site in the Sequence View to see real-time display of length and melting point (Tm）then easily add a primer annotation with a convenient new button.
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- Powerful Primer Annotation Display
- 5' extensions (tails) on annotated primers are now displayed inside the sequence view to indicate the length of the extension, the nucleotides it contains and what functional elements are present such as restriction sites, spacers and tags.
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- Simplified Testing and Annotation of Existing Primers
- Easily search all folders for primers that match a sequence of interest with the redesigned "Test with Saved Primers" operation. Copy and paste primers from other programs into the new "Add Primers" operation to find them on your target sequence in one step.
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- Drag and Drop Sequence Export
- Export annotated sequences in GenBank format by simply dragging documents out of Geneious Prime and onto the desktop or into another program.
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- Easy Extraction of PCR and Restriction Digest Products
- Shift click between two compatible primers or restriction enzymes for quick and easy extraction of their product from your sequence.
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- Improved Protein Statistics
- Calculate on the fly statistics for protein sequences directly on nucleotide sequences within the Statistics panel, with new protein statistics added including charge at pH 7 and amino acid group counts.
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- Improved GenBank Export
- Export the information you need with your sequences using the simplified, flexible options to include your own Meta-Data fields and allow or constrain export parameters to suit downstream applications.
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- Publish Plugins via Internal Network
- Create a curated list of plugins to offer privately to members of your organization via your internal network.
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- Usability Tweaks to Increase Efficiency
- Enjoy an improved table of primers, drag and drop backbone selection for cloning, easier workflow management, better defaults, a less cluttered Sequence View and many other little tweaks and improvements.
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